بازسازي مسير انتقال پيامNotch درگليوما با استفاده از ابزار‌هاي زيست‌شناسي سامانه¬ها و بررسي آزمايشگاهي مهم¬ترين ژن¬هاي كانديد

كارشناسي ارشد

مقدمه: مسير انتقال پيام ناچ يكي ازحفاظت¬شده¬ترين مسيرهاي انتقال پيام در اكثر موجودات چندسلولي است. اين مسير فرآيندهاي زيستي متعددي را در طول مرحله جنيني و بزرگسالي كنترل مي‌نمايد. در بسياري از سرطان‌ها مانند سرطان پستان، آدنوكارسينوما، روده بزرگ و گليوما اختلال‌هايي در اين مسير مشاهده شده¬است. گليوما، شايع‌ترين تومور بدخيم مغزي اوليه در بزرگسالان بوده كه به ‌عنوان بيشترين عامل مرگ‌ومير ناشي از تومورهاي اوليه مغزي شناخته مي‌شوند. در اين مطالعه با استفاده از ابزارهاي زيست¬شناسي سامانه¬ها به بازسازي مسير انتقال پيام ناچ در سرطان گليوبلاستوما و گليوما با درجه پايين پرداخته شده است. مواد و روش¬ها: ابتدا در فاز بيوانفورماتيكي، داده¬هاى RNA-seq مرتبط با سرطان گليوبلاستوما و گليوما با درجه ¬پايين دانلود و آناليز شد. پس از بررسي بيان افتراقي ژن¬ها توسط پكيج DESeq2 ، شبكه هم‌بياني مرتبط با داده¬هاي نرمال، سرطان گليوبلاستوما و گليوما با درجه¬پايين توسط ابزار WGCNA بازسازى شد. سپس با ترسيم شبكه ميانكنش ژن¬ها براي ماژول¬هاي غيرحفاظت شده در اين سرطان¬ها كه شامل ژن¬هاي اصلي مسير انتقال پيام ناچ هم بودند، ژن¬هاى كليدى دخيل در اين دو بيمارى شناسايي شدند. درفاز آزمايشگاهي بيان دو ژن كانديد از فاز بيوانفورماتيكي، توسط Real-Time PCR در ميان 25 نمونه بافت از هر گروه سنجيده شد. نتايج: بررسي بيان افتراقي ژن¬ها نشان مي¬دهد كه درحالت گليوبلاستوما نسبت به حالت سالم 11169 ژن دچار تغيير بيان معني¬دار ¬و همچنين درحالت گليوما نسبت به سالم 7741 ژن نيز تغيير بيان معني¬دار هستند. آناليز شبكه هم¬بياني نشان داد كه ماژول¬هاي purple و lightsteelblue در گليوبلاستوما و ماژول¬هاي darkmagentaوdarkorange درگليوما با درجه پايين حاوي ژن¬هاي كليدي مسير انتقال پيام ناچ بوده و از ماژول‌هاي غير حفاظت شده¬ مي¬باشند. پس از ترسيم شبكه ميانكنش ژن¬ها براي اين ماژول¬ها دوlncRNA به عنوان ژن¬هاي هاب و مرتبط با اجزاي مسير ناچ با نام¬هاي LINC02768 و LINC02743 انتخاب شدند. بررسي¬هاي آزمايشگاهي LINC02768 نشان داد كه در سرطان گليوبلاستوما نسبت به حالت سالم افزايش بيان معنادار (log2FC = 1.57, p value < 0.0001) و در سرطان گليوما با درجه پايين نسبت به حالت سالم نيز افزايش بيان معناداري (log2FC =0.12, p value < 0.05) مشاهده شد. همچنين LINC02743 در سرطان گليوبلاستوما نسبت به حالت سالم افزايش بيان (log2FC =1.22 , p value < 0.0001) و درسرطان گليوما با درجه پايين نسبت به حالت سالم نيز افزايش بيان معنادار مشاهده شد (log2FC =2.14 , p value < 0.0001). نتيجه¬گيري: اين پژوهش پيشنهاد مي¬دهد كه ميزان بيان RNAهاي غيركدكننده‌ي LINC02743 و LINC02768 در ارتباط با مسير ناچ ، مي¬تواند به عنوان نشانگر زيستي در بيماري‌زايي سرطان گليوبلاستوما و گليوما با درجه پايين مورد توجه قرار گيرد. با اين حال مطالعات گسترده¬ترى در بررسي و تاييد نقش اين RNAهاي تنظيمي به عنوان نشانگر تشخيصي در اين دو بيمارى مورد نياز است.

227932

دانشگاه اصفهان

زيست شناسي - ژنتيك مولكولي

فريبا دهقانيان