شناسايي RNAs طويل غير كد شونده در پاسخ به تنش شوري در گياه اسفناج

اصفهان : دانشگاه صنعتي اصفهان

بيوتكنولوژي كشاورزي

كارشناسي ارشد

RNAs طويل غيركدكننده (LncRNA) نقش¬هاي حياتي در تنظيم بيان ژن از طريق مكانيزم¬هاي متنوع ايفا مي كنند و به عنوان تنظيم كننده¬هاي مهم در فرايند¬هاي بيولوژيكي مختلف، بخصوص در پاسخ به تنش¬هاي محيطي شناخته مي¬شوند. با اين حال در سال¬هاي اخير چالش¬هايي در ارتباط با شناسايي LncRNA و درك عملكردهاي بيولوژيكي آن¬ها به ويژه گروه¬هاي مرتبط با تنش شوري در گياه اسفناج وجود دارد. بنابراين، هدف در اين مطالعه شناسايي LncRNAs مرتبط با استرس شوري و بررسي پيچيدگي¬هاي پاسخ به تنش در سطح مولكولي با استفاده از مجموعه داده¬ ترنسكريپتوم دو رقم متفاوت اسفناج شامل مانسترا ويرفلاگ( مقاوم به شوري) و پلاك (حساس به شوري) مي¬باشد. اين مسير جامع شامل مراحل كنترل كيفيت، نقشه برداري، مونتاژ و غربالگري براي پيش¬بيني و شناسايي LncRNAs مرتبط با تنش شوري است. پس از تجزيه و تحليل نتايج در مجموع 2325 LncRNA كه 385 از آن¬ها داراي بيان افتراقي بودند، شناسايي و از طريق مراحل غربالگري و مقايسه با پايگاه¬هاي داده، تاييد شدند. علاوه بر اين، در اين مطالعه ارتباط قابل توجهي بين LncRNAs خاص و ژن¬هاي كليدي مرتبط با تنش شوري شناسايي شد. اين برهمكنش خاص شامل، MSTRG.42699.1 با پراكسيداز گلوتاتيون، MSTRG.27050.1 با ژن انتقال دهنده قند، MSTRG.28885.1 كه با سيستئين سنتاز، MSRTRG.35604.1 با پروتئين ARSP1 و MSTRG.27569.1 با TPX2 نيز برهمكنش نشان دادند.اين مطالعه با استفاده از qRT-PCR، الگوهاي بياني مشاهده شده در مجموعه داده¬هاي ترنسكريپتوم را نيز تاييد كرد. همچنين، تحليل شبكه هم¬بياني وزن¬دار (WGCNA) منجر به شناسايي ده ماژول مجزا كه هر ماژول شامل تعداد معيني ژن كدكننده پروتئين و LncRNAs بودند شد. اين تحقيق يك چهارچوب براي شناسايي و توصيف LncRNAs مربط با تنش شوري در گياه اسفناج را ارائه مي¬دهد و نقش¬هاي بالقوه آن¬ها را در سازگاري با تنش شوري مشخص مي¬كند. يافته¬ها حاصل به درك بيشتر از مكانيسم¬هاي تنظيمي دخيل در پاسخ گياه به استرس¬ها كمك مي¬كند و نتايجي مقدماتي به منظور ايجاد استراتژي¬هايي در جهت بهبود گياهان تحت شرايط تنش شوري را فراهم مي كند.

230367

بيوتكنولوژي كشاورزي

مهندسي كشاورزي

دانشگاه صنعتي اصفهان