عنوان
آناليز فيلوژنتيك توالي¬هاي نوكلئوتيدي ساب¬تيپ¬هاي 3-1 بلاستوسيستيس در ايران بر اساس ناحيه باركدينگ ژن SSU rRNA
نويسنده اصلي
اقبالي، ميترا
محل تحصيل
دانشگاه علوم پزشكي كردستان
رشته تحصيلي
پزشكي
چكيده
زمينه و هدف:. بلاستوسيستيس يك انگل تك‌سلولي شايع روده‌اي است كه هم در انسان و هم در حيوانات يافت مي‌شود و تنوع ژنتيكي بالايي دارد؛ به‌طوري‌كه تاكنون بيش از 24 زيرگونه (ST) از آن شناسايي شده است. اين انگل با شيوع قابل توجهي در سراسر جهان گزارش شده و ميتواند هم به‌صورت هم‌زيست بي‌ضرر و هم به شكل بيماري‌زا عمل كند.با وجود پژوهش‌هاي گسترده، ارتباط ميان زيرگونه‌هاي مختلف و شدت يا نوع علائم باليني هنوز به‌طور كامل روشن نشده است.تحليل فيلوژنتيكي ابزاري كليدي براي درك تنوع ژنتيكي و روابط تكاملي ميان زيرگونه‌هاي بلاستوسيستيس محسوب مي‌شود. اين رويكرد امكان طبقه‌بندي زيرگونه‌ها، بررسي ويژگي‌هاي اختصاصي ميزبان و الگوهاي انتقال، و همچنين شناسايي سويه‌هاي جديد بالقوه را فراهم مي‌سازد.مطالعات پيشين نشان داده‌اند كه برخي زيرگونه‌ها فقط به انسان محدود مي‌شوند، در حالي كه برخي ديگر توانايي آلوده كردن چندين ميزبان را دارند. با توجه به اهميت باليني و اپيدميولوژيك بلاستوسيستيس بررسي دقيق زيرگونه‌ها و روابط فيلوژنتيكي آن‌ها ميتواند به شناسايي الگوهاي پراكندگي، مسيرهاي انتقال و نقش بالقوه هر زيرگونه در بيماري‌هاي روده‌اي كمك كند.اين مطالعه با هدف انجام تحليل فيلوژنتيكي زيرگونه‌هاي بلاستوسيستيس طراحي شده است تا درك روشن‌تري از تنوع ژنتيكي و روابط تكاملي آن‌ها فراهم آورد.
روش كار: توالي هاي نوكلئوتيدي كه جهت تكثير بلاستوسيستيس از ژن SSU rRNA و پرايمرهاي باركدنيگ استفاده شده از طريق سايت NCBI بدست آمده و آناليز بيوانفورماتيكي با استفاده از برنامه هاي Chromas براي اديت ، Blast براي مقايسه ژنها و تعيين همولوژي، ClastalW2 براي مقايسه گروهي ژنها (alignment) ، MEGA5 براي رسم درخت فيلوژني، GenBank براي دريافت و مقايسه ژنهاي مشابه، و Sequin براي ثبت ژنهاي حاصل از ايزوله هاي مورد بررسي، انجام شد. در نهايت با استفاده از نرم افزار Alex Gen، ماتريس شباهت و فاصله ژنتيكي انواع ساب تيپهاي 3-1 بلاستوسيستيس بر اساس ناحيه باركدينگ ژن SSU rRNA موجود در ايران با ساير نقاط دنيا مورد ارزيابي قرار گرفت.
نتايج: نتايج بلاست نمونه هاي بدست آمده از ايران نشان داد كه همه ايزوله هاي انساني شناسايي شده مربوط به ساب تايپهاي 1و 2و 3 بوده است و اين سابتايپها در گروههاي مختلف مورد بررسي يكسان است و اين سابتايپ ها با موارد مشابه به خودشان بيشتراز 95 درصد همپوشاني دارند همچنين با مقايسه نمونه هاي انساني با نمونه هاي جدا شده از حيوانات مختلف شباهت سابتايپ ها درون يك خانواده بيشتر از 95 درصد است و اين شباهت ها با نمونه هاي جدا شده از محيط زيست ااز قبيل آب آشاميدني نيز وجود داشت. نتيجه بررسي درخت فيلوژنتيك از طريق نرم افزار مگا نشان داد سابتهاي 1و 2 در يك كلاستر و سابتايپ 3 در كلاستر جداگانه قرار دارد. نتايج بررسي ژن آلكس نشان داد كه تنوع ژنتيكي بسيار بالايي دارد.
نتيجه گيري: با توجه به نتايج بدست آمده ميتواند نتيجه گرفت كه انگل بلاستوسيستيس قطعا از طريق مسير زئونوز چرخه انتقال دارد. همچنين تفاوت ژنتيكي بدست آمده نشان دهنده موتاسيون هايي است كه درطول زمان ايجادشده اما همچنان موتيف هاي عملكردي حفط شده اند.
كلمات كليدي: آناليز فيلوژنتيك، توالي¬هاي نوكلئوتيدي، ساب¬تيپ¬هاي 3-1 بلاستوسيستي، ايران ، ناحيه باركدينگ، ژن SSU rRNA
شماره ركورد
235846
شهر محل تحصيل
دانشگاه علوم پزشكي كردستان
گرايش رشته تحصيلي
پزشكي
دانشكده
پزشكي
دانشگاه
دانشگاه علوم پزشكي كردستان
استاد راهنما
محمدباقر خادمعرفان ، فارس بهرامي