لوژنتيك وتكاملي پوتي‌ويروس جداشده از گياه شوكران در شهرستان بردسير استان كرمان، براساس توالي‌يابي كامل ژنوم

آناليز مقايسه‌اي توالي‌ها در سيستماتيك و زيست‌شناسي تكاملي، كاربرد روزافزون داشته و يكي از مناسب‌ترين داده‌ها براي اين پژوهش‌ها، به كار بردن توالي‌هاي نوكلئوتيدي و پروتئيني مي‌باشد. از همين‌رو در پژوهش حاضر، جايگاه تاكسونوميكي و آناليز فيلوژنتيكي جدايه‌اي از ويروس مولد موزائيك بر روي گياه شوكران كه از منطقه بردسير استان كرمان جداسازي گرديد، بر اساس تعيين ترادف كامل نوكلئوتيدي و آمينواسيدي و بررسي رابطه آن با جدايه‌هاي نزديك، مورد ارزيابي قرار گرفت. به منظور درك بهتر مسير تكاملي اين جدايه، توالي‌يابي كامل ژنوم با استفاده از سه راهكار كلي شامل بهرهگيري از آغازگرهاي دژنره، واكنش زنجيره‌اي پلي‌مراز با به كارگيري آغازگرهاي اختصاصي ويروس و تكثير انتهاي 5` با روش 5`- RACE انجام گرديد. نتايج حاصل از مشاهده ساختار موتيفهاي تشكيل دهنده در جدايه مورد بررسي با استفاده از برنامه BLASTP و pfam و هم‌چنين هم‌رديف‌سازي توالي نوكلئوتيدي و پروتئيني ۱۱۲ جدايه پوتي‌ويروس، نشان داد كه جدايه بردسير يك عضو مشخص از جنس پوتي‌ويروس‌ها مي‌باشد. بر اساس اين نتايج؛ كم‌ترين ميزان شباهت جدايه بردسير با جدايه‌هاي متعلق به جنس ايپمو‌ويروس و مكلوراويروس و بيش‌ترين ميزان شباهت مربوط ساير پوتي‌ويروس‌ها و ريموويروس‌ها بود. در جنس پوتي‌ويروس بيش‌ترين شباهت ابتدا با LMV و سپس PMaV و كم‌ترين شباهت ابتدا باFreMV و سپس با ISMV بود. در درخت‌هاي فيلوژنتيكي ترسيم‌شده بر اساس ترادف آمينواسيدي و نوكلئوتيدي كل ژنوم دو جدايه بردسير وLMV در كنار يكديگر در ابرگروه PVY قرار مي‌گيرند، اما عدم ارتباط سرولوژيك بين اين ويروس‌ها و هم‌چنين با استناد به معيارهاي تفكيك گونه‌اي ارائه شده توسط كميته بين المللي تاكسونومي ويروس‌ها (به ترتيب 76 و 80 درصد شباهت نوكلئوتيدي و آمينواسيدي براي ژنوم كامل)، جدايه بردسير را مي توان به عنوان يك گونه جديد از پوتي‎ويروس‌ها پيشنهاد نمود. نتايج حاصل از اين پژوهش كه بر اساس توالي كامل ژنوم انجام گرفته، نتايج تحقيقات پيشين (بر اساس توالي قسمتي از ژنوم) را مورد تأئيد قرار مي‌دهد

55965

دانشگاه وليعصر رفسنجان

ثمين السادات حسيني

بيماري شناسي

احمد حسيني